Last edited: 10 Nov 25 Niuzheng Chai (nc625@cam.ac.uk) The files here are bed tracks generated by Hygeia (in single group mode) on 445 IHEC samples. They were all mapped to hg38. Input for annotation was the imputed matrix from ChromImpute. Any CpG site present after imputation was used for regime calculation, ie. there was no pre-filtering based on coverage etc. Each folder is an IHEC sample and contains annotations for chromosomes 1-22 for that sample. The annotation bed files are all named regimes_*.bed and have an accompanying .tbi file. There is also a MD5 checksum file in each sample's folder. Each bed file has the following columns: 1. Chromosome 2. Start coordinate 3. End coordinate 4. Regime label (most likely regime) 5. Probability of the most likely regime 6. Strand (this field is left blank) 7. Information for browser to know where CpG site starts (ie. Just a repeat of column 2) 8. Information for browser to know where CpG site ends (ie. Just a repeat of column 3) 9. Assigned regime colour There is also the /array_beds folder which has bed tracks for the 450K and EPIC v2 arrays. These tracks will only be used for the Hygeia manuscript figure. The annotated samples (no version): IHECRE00000001 IHECRE00000004 IHECRE00000008 IHECRE00000013 IHECRE00000014 IHECRE00000016 IHECRE00000019 IHECRE00000022 IHECRE00000024 IHECRE00000027 IHECRE00000034 IHECRE00000043 IHECRE00000045 IHECRE00000048 IHECRE00000051 IHECRE00000053 IHECRE00000054 IHECRE00000055 IHECRE00000059 IHECRE00000060 IHECRE00000070 IHECRE00000071 IHECRE00000076 IHECRE00000084 IHECRE00000087 IHECRE00000090 IHECRE00000094 IHECRE00000095 IHECRE00000096 IHECRE00000099 IHECRE00000101 IHECRE00000105 IHECRE00000109 IHECRE00000112 IHECRE00000118 IHECRE00000121 IHECRE00000124 IHECRE00000126 IHECRE00000128 IHECRE00000129 IHECRE00000133 IHECRE00000142 IHECRE00000147 IHECRE00000152 IHECRE00000153 IHECRE00000155 IHECRE00000158 IHECRE00000159 IHECRE00000160 IHECRE00000161 IHECRE00000171 IHECRE00000174 IHECRE00000176 IHECRE00000177 IHECRE00000184 IHECRE00000187 IHECRE00000188 IHECRE00000193 IHECRE00000194 IHECRE00000195 IHECRE00000221 IHECRE00000222 IHECRE00000223 IHECRE00000224 IHECRE00000225 IHECRE00000226 IHECRE00000227 IHECRE00000228 IHECRE00000229 IHECRE00000230 IHECRE00000231 IHECRE00000232 IHECRE00000233 IHECRE00000234 IHECRE00000235 IHECRE00000236 IHECRE00000237 IHECRE00000238 IHECRE00000239 IHECRE00000240 IHECRE00000241 IHECRE00000242 IHECRE00000243 IHECRE00000244 IHECRE00000246 IHECRE00000247 IHECRE00000248 IHECRE00000250 IHECRE00000256 IHECRE00000260 IHECRE00000261 IHECRE00000264 IHECRE00000265 IHECRE00000267 IHECRE00000270 IHECRE00000276 IHECRE00000277 IHECRE00000279 IHECRE00000281 IHECRE00000283 IHECRE00000284 IHECRE00000285 IHECRE00000290 IHECRE00000297 IHECRE00000298 IHECRE00000301 IHECRE00000303 IHECRE00000304 IHECRE00000306 IHECRE00000308 IHECRE00000309 IHECRE00000310 IHECRE00000315 IHECRE00000316 IHECRE00000317 IHECRE00000318 IHECRE00000321 IHECRE00000324 IHECRE00000330 IHECRE00000332 IHECRE00000335 IHECRE00000336 IHECRE00000339 IHECRE00000341 IHECRE00000343 IHECRE00000345 IHECRE00000346 IHECRE00000347 IHECRE00000348 IHECRE00000353 IHECRE00000354 IHECRE00000642 IHECRE00000648 IHECRE00000663 IHECRE00000665 IHECRE00000666 IHECRE00000675 IHECRE00000683 IHECRE00000704 IHECRE00000709 IHECRE00000718 IHECRE00000728 IHECRE00000734 IHECRE00000738 IHECRE00000743 IHECRE00000774 IHECRE00000775 IHECRE00000784 IHECRE00000785 IHECRE00000800 IHECRE00000808 IHECRE00000810 IHECRE00000821 IHECRE00000828 IHECRE00000831 IHECRE00000843 IHECRE00000845 IHECRE00000849 IHECRE00000864 IHECRE00000866 IHECRE00000867 IHECRE00000868 IHECRE00000871 IHECRE00000882 IHECRE00000886 IHECRE00000887 IHECRE00000889 IHECRE00000891 IHECRE00000915 IHECRE00000936 IHECRE00000938 IHECRE00000942 IHECRE00000943 IHECRE00000949 IHECRE00000953 IHECRE00000957 IHECRE00000961 IHECRE00000964 IHECRE00000969 IHECRE00000972 IHECRE00000974 IHECRE00000980 IHECRE00000983 IHECRE00000985 IHECRE00000987 IHECRE00000992 IHECRE00000997 IHECRE00000999 IHECRE00001002 IHECRE00001003 IHECRE00001004 IHECRE00001005 IHECRE00001006 IHECRE00001007 IHECRE00001008 IHECRE00001009 IHECRE00001010 IHECRE00001011 IHECRE00001012 IHECRE00001013 IHECRE00001014 IHECRE00001015 IHECRE00001016 IHECRE00001017 IHECRE00001018 IHECRE00001019 IHECRE00001020 IHECRE00001021 IHECRE00001022 IHECRE00001023 IHECRE00001025 IHECRE00001027 IHECRE00001030 IHECRE00001039 IHECRE00001041 IHECRE00001044 IHECRE00001050 IHECRE00001232 IHECRE00001233 IHECRE00001234 IHECRE00001235 IHECRE00001236 IHECRE00001246 IHECRE00001249 IHECRE00001306 IHECRE00001315 IHECRE00001320 IHECRE00001326 IHECRE00001335 IHECRE00001375 IHECRE00001378 IHECRE00001379 IHECRE00001387 IHECRE00001412 IHECRE00001439 IHECRE00001447 IHECRE00001457 IHECRE00001458 IHECRE00001460 IHECRE00001467 IHECRE00001471 IHECRE00001482 IHECRE00001486 IHECRE00001488 IHECRE00001490 IHECRE00001508 IHECRE00001517 IHECRE00001518 IHECRE00001526 IHECRE00001546 IHECRE00001548 IHECRE00001549 IHECRE00001557 IHECRE00001851 IHECRE00001852 IHECRE00001854 IHECRE00001856 IHECRE00001873 IHECRE00001874 IHECRE00001875 IHECRE00001876 IHECRE00001877 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